Stem Mastering είναι η ίδια διαδικασία με το mastering, με τη διαφορά ότι αντί να χρησιμοποιήσουμε ένα ενιαίο στερεοφωνικό κανάλι μίξης, χρησιμοποιούμε 2 ή περισσότερα κανάλια υπό-μίξεων, τα αποκαλούμενα "stems". Πχ, αντί η μίξη να γίνει export σε ένα στερεοφωνικό κανάλι, μπορεί να γίνει export σε 2 ή περισσότερα ξεχωριστά κανάλια (stems), όπου το κάθε ένα θα περιέχει μόνο κρουστά, μπάσο, έγχορδα, λοιπά όργανα και φωνές αντιστοίχως. Αυτό μας δίνει μεγαλύτερη ευελιξία στο mastering καθώς μπορούμε να επεξεργαστούμε και να διορθώσουμε προβλήματα σε κάθε stem ξεχωριστά, επηρεάζοντας το λιγότερο δυνατό τα υπόλοιπα στοιχεία της μίξης